Durante su búsqueda de venganza, la vida de Michael da un vuelco al saber que Sara todavía está viva. Conscientes de que será la única manera de ser libres, Michael y Lincoln comienzan la búsqueda de Sara y la destrucción de La Compañía. Con la ayuda de un agente del Gobierno, reclutan a un conjunto de aliados y caras conocidas, incluyendo (William Fichtner), Sucre (Amaury Nolasco) y Bellick (Wade Williams), para ayudarles con esta tarea a priori imposible. Desafortunadamente para los hermanos, también tiene que contar con T-Bag (Robert Knepper), que sin saberlo posee una clave vital que les ayudará a superar su reto más difícil hasta la fecha.